Alignment sekuens menggunakan Clustal X
Membuat Fasta File
Buat fasta file dari program notepad [*.fasta] dengan cara membuka program notepad yang sudah tersedia di komputer
Sekuens target diperoleh dengan cara yang sudah disampaikan pada BAB I. Setelah diperoleh halaman situs yang menampilkan informasi sekuens target. Pada kolom bagian atas dipilih “FASTA” sehingga akan diperoleh tampilan sekuens dalam format fasta. Lakukan pengkopian mulai dari tanda “>” sampai urutan sekuens terakhir.
Paste hasil kopian pada langkah 2 di program notepad. Lakukan pengeditan dengan menghapus beberapa informasi yang tidak diperlukan (hanya ada tanda >, nama sekuens dan urutan sekuens saja yang ada di halaman notepad.
Simpan fasta file.
Lakukan penambahan data dalam fasta file yang sama dengan menggunakan langkah 1-4, sesuai dengan kebutuhan.
NB : pemberian/pengaturan nama dalam edit/penambahan data harus berbeda-beda.
Melakukan Alignment dengan Clustal X2
Buka Program Clustal X2 sehingga akan muncul kolom kerja Clustal X2 seperti tampak pada gambar
Buka data melalui File>Load Sequences
Pilih kolom Alignment > Output Format Option [optional] dan atur output file melalui kolom Output Format Option tersebut.
Pilih format yang akan digunakan [optional]
Proses alignment dijalankan dengan memilih kolom Alignment >Do Complete Alignment
Simpan hasil alignment dengan perintah File>Write Alignment as Postscript
NB : Program GhostGum, GhostScript dan GhostWord adalah salah satu jenis program yang bisa digunakan untuk membaca File postscript
Tidak ada komentar:
Posting Komentar