Hot News

Bayer Young Environmental Envoy, Indonesia
BYEE Program now in its 7th year in Indonesia
If you are an Indonesian citizen, between 18 to 24 years old, single, and presently enrolled in a college/university, and with a passion for the environment, take up the challenge to become a Bayer Young Environmental Envoy!

Deserving students from all over Indonesia will be selected to be Bayer Young Environmental Envoys (BYEE) and will participate in a live-in Eco-camp that is held in a local venue. The top four envoys will join youth delegates from 18 other countries around the world on a weeklong all-expense paid trip to Germany on November 7 - 12, 2010. It will be an opportunity to gain new insights on the broad spectrum of environmental protection measures employed by industry, municipalities, and the state environmental authorities in Germany.
Who is eligible

* Indonesian citizen, College/University student enrolled in any institution as of April 1, 2010 (students graduating in April 2010 are eligible to join)
* 18 to 24 years old by September 1, 2010
* Actively involved in environmental activities or projects
* Willing to travel overseas
* Should be able to work well within a group
* Good oral and written English communications skills

Children and relatives up to the second degree of consanguinity, or persons, whether they are related or not, living with any of the following are not eligible to join the contest:

* Employees of Bayer, their agencies or independent contractors engaged in the project
* Individuals or companies engaged in the development, production, or distribution of materials for the project

How to join
Financial crises and economic downturns spell tough times for the environment. Safeguarding the planet at a time of economic recession is often seen as a luxury, and at times, a burden on economic recovery and development. On the other hand, reality has shown that the Earth itself is what ultimately controls economic activity because it is the source of the materials upon which economic activity works.

Write your individual proposal, therefore, for a simple environmental project in your community or school which demonstrates that environmental protection and economic growth can go hand in hand.

* In no more than 100 words, describe the current situation and environment related problems in your local area or school.
* Name a few practical solutions to the problem that either government/industry/NGOs or your school/community has so far carried out.
* Draw up a personal project you intend to do to help alleviate this problem, and state your objectives and deliverables.
* Indicate resource requirements like budget, manpower, facilities, as well as institutions/groups involved, making sure that all necessary resources are within your reach. Compare resources and costs with the benefits you expect to gain.
* In no more than 200 words, say how this project can be beneficial for both the economy and the environment. Explain also why your environmental project makes economic sense.

Procedures/rules

* Fill out the entry form and attach a 4x6 cm color photo of yourself.
* Attach the following documents: certificate of cumulative GPA (IPK, minimum 2.5) from your institution, copies of identification card (KTP/SIM), and proof of environmental award (if there is any) received.
* All entries must be accompanied by a project proposal. Incomplete application form and entry requirements will not be processed.
* Secure the endorsement of a faculty member OR the school academic department head OR college/university dean OR academic vice-president OR president.
* All applications should reach Bayer by May 19, 2010.
* Project proposals must be written in English and double-spaced. Handwritten or e-mail entries will not be accepted.
* Project proposals, which are adaptations/upgrades of already existing projects are acceptable, but the entry will be judged solely on the basis of new elements introduced and their added value. Pre-existing work or accomplishments prior to the official start-up date will not be given any credit.
* Successful finalists shall be asked to begin implementing their respective projects by June 25, 2010. A premature start of the proposed project will be grounds for disqualification.
* While the project proposal should be the applicant’s own concept, the project itself may be carried out by any number of people, with the applicant taking significant role in its implementation.
* The project must be completed or come close to completion by September 22, 2010.
* The judges’ decision is final for all aspects of the competition.

Judging and selecting

* Applicants will be shortlisted based on the content of their project, leadership and environmental know-how and involvement.
* A panel of judges will interview each of the shortlisted candidates to determine their intelligence and understanding of environmental issues, their communication and people skills, as well as the feasibility of their project proposals.
* Shortlisted candidates will be interviewed. PT Bayer Indonesia will bear all costs for the travel, meals, and accommodations of shortlisted candidates going to the interview.
* Successful applicants who qualify for the final round will be required to attend an environmental live-in workshop called the BYEE Eco-Camp. All charges for the travel, accommodations, and upkeep of participants will be shouldered by PT Bayer Indonesia.
* At the end of the Eco-Camp, the finalists will be asked to make a presentation before another panel of judges. They will be given the formal title of Bayer Young Environmental Envoy at an awarding ceremony.
* Four of these finalists will be declared as the Top 4 Bayer Young Environmental Envoys and will be given the opportunity to participate in a weeklong all-expense paid study trip to Germany on November 7-12, 2010.

All applications should reach Bayer by May 19, 2010

Please read the application form thoroughly. Online or e-mail applications will not be accepted and only complete application forms will be considered.

Applications should be sent to:
Corporate Communications
PT Bayer Indonesia
MidPlaza I, 12th Floor
Jl. Jendral Sudirman Kav. 10-11
Jakarta 10220

For more information, call PT Bayer Indonesia at Tel. 021 570 3661 extension 1367 or Fax. 021 570 3660
top
top
top
top
top

MATERI BIOINFORMATIKA

Alignment sekuens menggunakan Clustal X

1. Membuat Fasta File

1. Buat fasta file dari program notepad [*.fasta] dengan cara membuka program notepad yang sudah tersedia di komputer

2. Sekuens target diperoleh dengan cara yang sudah disampaikan pada BAB I. Setelah diperoleh halaman situs yang menampilkan informasi sekuens target. Pada kolom bagian atas dipilih “FASTA” sehingga akan diperoleh tampilan sekuens dalam format fasta. Lakukan pengkopian mulai dari tanda “>” sampai urutan sekuens terakhir.

3. Paste hasil kopian pada langkah 2 di program notepad. Lakukan pengeditan dengan menghapus beberapa informasi yang tidak diperlukan (hanya ada tanda >, nama sekuens dan urutan sekuens saja yang ada di halaman notepad.

4. Simpan fasta file.

5. Lakukan penambahan data dalam fasta file yang sama dengan menggunakan langkah 1-4, sesuai dengan kebutuhan.

NB : pemberian/pengaturan nama dalam edit/penambahan data harus berbeda-beda.

2. Melakukan Alignment dengan Clustal X2

1. Buka Program Clustal X2 sehingga akan muncul kolom kerja Clustal X2 seperti tampak pada gambar

2. Buka data melalui File>Load Sequences

3. Pilih kolom Alignment > Output Format Option [optional] dan atur output file melalui kolom Output Format Option tersebut.

4. Pilih format yang akan digunakan [optional]

5. Proses alignment dijalankan dengan memilih kolom Alignment >Do Complete Alignment

6. Simpan hasil alignment dengan perintah File>Write Alignment as Postscript

NB : Program GhostGum, GhostScript dan GhostWord adalah salah satu jenis program yang bisa digunakan untuk membaca File postscript

ISOLASI DNA

UJI KUALITATIF DAN KUANTITATIF DNA

Metoda standar yang digunakan untuk memisahkan, mengidentifikasi dan memurnikan fragmen DNA adalah elektroforesis gel agorose. Teknik ini sederhana, cepat terbentuk, dan mampu memisahkan campuran potongan DNA sesuai dengan ukurannya secara akurat, dibanding dengan densitas gradient sentrifugasi. Selanjutnya, lokasi DNA dalam gel tersebut dapat diidentifikasi secara langsung dengan menggunakan pewarna berfluorescen.

Untuk mendeteksi potongan-potongan DNA berupa bands-DNA pada gel agarose digunakan pewarna yang mengandung fluoresen dengan konsentrasi rendah, seperti intercalating agent ethidium bromide (EtBr). Hanya sedikit DNA ± 1ng dapat dideteksi secara langsung dengan cara gel diletakkan pada media UV-transilluminator.

Gel poliakrilamid vs gel agarose

1. Gel Poliakrilamid
   • Lebih effektif untuk pemisahan fragmen DNA antara 5-500bp
   • Power: ekstrim tinggi
   • Ukuran perbedaan DNA yang terpisah sampai 1bp
   • Pembuatannya lebih sulit dibanding gel agarose, karena biasanya digunakan poliakrilamid dengan resolusi yang tinggi.
   • Medan gerak secara vertikal dan listriknya konstan.
2. Gel Agarose
   • Power lebih rendah
   • Mempunyai laju pemisahan lebih cepat
   • Dapat memisahkan fragmen DNA antara 100bp – 50kb tergantung dari konsentrasi gel agarose yang digunakan
   • Medan gerak biasanya horisontal

Electroforesis migration rate

Elektroforesis migration rate selama DNA bergerak menembus gel agarose dipengaruhi oleh beberapa factor utama, sebagai berikut:

1. Ukuran molekul DNA

Molekul yang lebih besar akan bergerak lebih lambat, missal DNA linier lebih cepat dibanding DNA sirkuler. Jarak migrasi molekul DNA pada gel adalah laju terbalik proporsional log-10 dari jumlah pasangan basa2.

2. Konsentrasi gel agarose

Fragmen DNA yang bervariasi ukuran molekulnya akan berberak sesuai dengan konsentrasi dari gel agarose yang digunakan. Rumusnya adalah: logm=logmo-Kr_T dimana mo adalah free electrophoresis mobility, Kr adalah retardation coefficient, dan _T adalah gel konsentrasi serta m adalah electrophoretic mobility DNA.

Tabel 1. konsentrasi gel agarose dan ukuran molekul DNA

No	Konsentrasi Gel Agarose (%)	Effisiensi range Pemisahan pada DNA linier (kb)
1	0.3	60-5
2	0.6	20-1
3	0.7	10-0.8
4	0.9	7-0.5
5	1.2	6-0.4
6	1.5	4-0.2
7	2.0	3-0.1

3. Konformasi DNA

Laju migrasi juga tergantung pada bentuk/konformasi DNA, kita tahu bahwa ada 3 macam bentuk DNA yaitu super-helix circular (I), circular-opened (II), dan linier (III). Meskipun ketiga bentuk itu mempunyai berat yang sama tetapi laju migrasi pada gel elektroforesis berbeda. Perbedaan laju migrasi ini karena:

• terutama konsentrasi gel agarose
• kekuatan arus listrik dan ionik buffer yang digunakan
• densitas kembaran superheliks pada bentuk I
• pada beberapa kondisi bentuk I lebih cepat dibanding bentuk III
• tergantung juga kenaikan kuantitas EtBr: konsentrasi EtBr meningkat, pengikatan DNA meningkat pula sehingga mobilitas meningkat tajam, contoh untuk bentuk I
• konsentrasi EtBr kritis antara 0.1mg/ml-0.5ml/mg

4. Penggunaan Voltage dan arah dari bidang elektris

Voltage rendah menyebabkan laju migrasi DNA linier proporsional. Idealnya untuk DNA ± 2kb pada gel agarose bergerak ± 5v/cm. Arah dari bidang elektris konstans untuk DNA 50-100kb bergerak dengan laju yang sama, akan berubah secara periodik sesuai kecepatan pergerakan DNA akan berubah juga.

5. Komposisi basa DNA atau temperature

Baik komposisi basa maupun temperature tidak begitu berpengaruh, mobilitas DNA stabil pada temp. 4-30°C. Dan elektroforesis gel agarose dilakukan pada suhu kamar

6. Keberadaan pewarna DNA

Iintercalating agent ethidium bromide (EtBr) adalah pewarna fluoresen untuk deteksi asam nukleat, EtBr ini akan mengikat pada sela-sela pasangan basa DNA. EtBr dapat mengurangi mobilitas DNA linier sampai 15%. Hanya sedikit DNA ± 1ng dapat dideteksi secara langsung dengan cara gel diletakkan pada media UV-transilluminator. EtBr dapat digunakan untuk mendeteksi single- atau double-stranded asam nukleat (DNA atau RNA). Meskipun, affinity dari EtBr-dye ini untuk single-stranded asam nukleat relative rendah dan pendaran fluorensen minimum. PERHATIAN! EtBr ini powerful mutagen, pengguna harus selalu memakai sarung tangan pada saat bekerja, dan lindungi mata anda dengan kaca pelindung pada saat mengamati di atas UV-transilluminator.

7. Komposisi buffer elektroforesis

Buffer elektroforesis yang digunakan harus sesuai dengan pelarut yang digunakan untuk pembuatan gel agarose. Misal:

a. Tris-acetate; umum dipakai untuk preparative, kemampuannya paling rendah, tetapi efektif untuk isolasi DNA dari gel agarose baik elektroelusi maupun gel ekstraksi.

b. Tris-borat; resolusi cukup baik, tapi untuk mengisolasi kembali DNA dari agarose kurang effektif, karena ada interaksi dengan agarose.

klorofil

Jika kita amati lebih lanjut dalam tingkatan struktur kimiawi, akan kita jumpai keunikan dari klorofil. Ternyata struktur dari klorofil memiliki kesamaan struktur dengan hemoglobin. Perbedaannya hanyalah terletak pada atom pusat dari molekul. Atom pusat klorofil adalah magnesium (Mg) sedangkan atom pusat hemoglobin adalah besi (Fe). Jika hemoglobin diidentikan sebagai darah merah manusia, maka klorofil dapat diidentikan sebagai darah hijau manusia. Karena kemiripan struktur inilah, maka klorofil adalah satu-satunya molekul di dunia ini yang secara alamiah dapat diterima oleh tubuh dan menjadi nutrisi vital bagi tubuh manusia.
Dalam proses metabolisme, energi bagi manusia datang dari sel-sel darah merah yang membawa oksigen ke dalam sel-sel tubuh. Hemoglobin merupakan molekul dalam sel darah merah yang membawa oksigen. Adapun klorofil adalah pembentuk sel darah merah yang paling cepat di dalam tubuh manusia. Dengan mengkonsumsi klorofil, jumlah sel darah dapat meningkat sangat cepat sehingga pasokan energi dalam tubuh dapat terus menerus terjamin. Dalam bukunya, The Healing Power of Chlorophyll Bernard Jensen menegaskan berbagai hasil eksperimen dengan tikus, dimana darah tikus digantikan dengan klorofil, hasilnya klorofil tetap dapat menjaga kelangsungan hidup tikus-tikus tersebut. Tim O’Shea dalam bukunya The Sancity of Human Blood juga menegaskan bahwa klorofil merupakan satu-satunya molekul yang dapat diterima oleh tubuh karena kesamaannya dengan hemoglobin sehingga potensial dalam meningkatkan ketahanan tubuh manusia.

Fungsi Utama Klorofil
Penggunaan klorofil bagi tubuh manusia dapat membantu dalam hal (1) meningkatkan jumlah sel-sel darah, khususnya meningkatkan produksi hemoglobin dalam darah, (2) mengatasi anemia, (3) membersihkan jaringan tubuh, (4) membersihkan hati dan membantu fungsi hati, (5) meningkatkan daya tahan tubuh terhadap senyawa asing (virus, bakteri, parasit), (6) memperkuat sel, dan (7) melindungi DNA terhadap kerusakan. Yang terpenting dari molekul klorofil adalah aman terhadap tubuh.

Selain itu, klorofil juga berfungsi sebagai desinfektan dan antibiotik, bahkan sebelum adanya obat-obatan sintesis. Klorofil membersihkan jaringan-jaringan tubuh dan tempat pembuangan sisa limbah metabolisme dalam tubuh, sekaligus mengatasi parasit, bakteri, dan virus yang ada dalam tubuh manusia. Bahkan, klorofil dapat menghilangkan senyawa-senyawa kimia yang bersifat racun dalam tubuh. Ekor molekul klorofil yang bersifat hidrofobik dapat menggali ke dalam sel/jaringan dan mengangkat senyawa hidrokarbon dari dinding sel serta mengeluarkan senyawa beracun tersebut. Hidrokarbon yang dimaksud adalah pestisida, obat-obatan yang tertimbun dalam tubuh, pewarna makanan, bahkan bakteri, parasit, dan virus. Ann Wigmore dalam buku The Wheatgrass Book, 1985 menyatakan bahwa klorofil dapat melindungi kita dari senyawa-senyawa karsinogen, dimana makanan dan obat lainnya sudah tidak berfungsi lagi. Klorofil bertindak menguatkan sel-sel, melepaskan zat racun dari hati dan aliran darah dan secara kimiawi menetralisasi polutan-polutan.

Perkembangan Terbaru Aplikasi Klorofil
Mengingat serangan virus dengue yang menyebabkan gejala-gejala pendarahan dan menurunnya jumlah trombosit, pengobatan dengan klorofil selayaknya dilirik sebagai upaya alternatif bagi pengobatan demam berdarah. Dari sisi pencegahan, mengkonsumsi klorofil merupakan tindakan bijaksana dalam meningkatkan pertahanan tubuh sehingga memungkinkan kita melawan benda asing yang masuk ke dalam tubuh, tak terkecuali virus dengue. Sirkulasi darah yang bersih dan kaya akan sel darah merah merupakan mekanisme pertahanan tubuh alamiah yang paling andal. Sebenarnya alam telah menyediakan sumber-sumber klorofil yang dapat dikonsumsi. Caranya adalah dengan mengkonsumsi secara rutin sayuran hijau yang kaya klorofil setiap hari. Katuk merupakan tumbuhan lokal asli Indonesia yang kaya akan klorofil.

Meskipun secara alami, klorofil dapat langsung dicerna, tetapi riset terkini tentang klorofil, menyatakan bahwa klorofil murni yang terkena proses pengolahan (dimasak) akan rusak fungsi utamanya. Klorofil yang terolah tersebut akan sulit diserap oleh tubuh manusia, bahkan sebagian besar akan terbuang dalam sistem pembuangan. Sehingga disini sangat dianjurkan bagi penderita untuk mengkonsumsi sayur-sayuran segar tanpa diolah. Tetapi untuk penderita yang benar-benar butuh klorofil, dengan memanfaatkan teknologi tinggi, pengekstrakan klorofil dapat dilakukan sebelum terjadi penurunan mutu dan fungsi utamanya. Yaitu dengan menambahkan atom magnesium di dalam molekul bersama atom tembaga dan atom-atom natrium, sehingga molekul klorofil bisa larut dalam air dan menjadi stabil. Penambahan atom-atom baru tersebut menghasilkan struktur kimia baru yang disebut Chlorophyllin.Chlorophyllin ini telah diperdagangkan dengan berbagai merk dagang baik dalam bentuk tablet, kapsul, maupun cairan.

Selain berpotensi sebagai obat demam berdarah, klorofil juga berpotensi sebagai photosensitizer (obat pemicu yang aktif oleh rangsangan cahaya) untuk terapi tumor dan kanker. Obat seperti ini bukan barang baru, karena telah diterapkan dalam terapi fotodinamika (photodynamic therapy). Di Jepang, Jerman, dan Amerika Serikat, tehnik ini sudah dipakai untuk menanggani kanker seperti kanker otak, paru-paru, dan mulut. Terapi fotodinamika menjadi alternatif yang lebih aman ketimbang terapi gelombang radio dan kemoterapi, yang sering disertai efek samping seperti kerontokan rambut dan rusaknya kulit. Tak seperti kemoterapi yang butuh selang waktu antar pemberian, terapi fotodinamika dapat dilakukan lebih sering dalam kurun waktu tertentu.

Pemanfaatan teknologi fotodinamika (TFD) ini pada dasarnya didasarkan asumsi bahwa photosensitizer (klorofil) akan dapat membunuh sel-sel kanker ketika senyawa tersebut diekspos dengan cahaya tampak pada panjang gelombang tertentu (630-800 nm) dan dengan intensitas tertentu. Dalam pengaplikasiannya, klorofil diinjeksikan ke tubuh, yang kemudian diserap secara otomatis oleh seluruh sel. Klorofil yang berperan sebagai photosensitizer akan terakumulasi dalam sel kanker dan tinggal lebih lama dalam sel tersebut jika dibandingkan dengan keberadaannya di dalam sel normal. Untuk mendeteksi keberadaan klorofil dalam sel kanker, pasien yang telah diberi obat dipindai. Bagian yang terdapat klorofil akan berpendar terang.

Mekanisme kerja klorofil sebagai sensitizer adalah dengan menjadi pemicu spesies oksigen menjadi singlet oksigen yang sangat reaktif yang akan membunuh sel kanker. Prosesnya adalah ketika photosensitizer mengabsorbsi cahaya, maka photosensitizer akan tereksitasi pada keadaan singlet. Keadaan ini tidak berlangsung lama, photosensitizer akan berubah ke keadaan triplet. Photosensitizer pada keadaan triplet ini akan bereaksi dengan oksigen yang tentunya ada dalam jaringan tubuh manusia, termasuk dalam jaringan kanker. Oksigen dalam keadaan dasar akan tereksitasi menjadi singlet oksigen yang bersifat sangat reaktif yang selanjutnya akan menghancurkan sel-sel kanker. Pada akhirnya, photosensitizer yang telah menunaikan tugasnya tersebut akan kembali ke keadaan normal.

Penutup
Penelitian tentang klorofil kedepannya diperkirakan masih akan berlangsung terutama untuk aplikasi lebih lanjut di bidang kesehatan. Hal ini didasarkan kenyataan bahwa klorofil merupakan senyawa bahan alam yang melimpah dan tidak bersifat racun sebagaimana obat-obat kimiawi yang telah umum digunakan. Selain itu pemanfaatan klorofil dari bakteri fotosintetis (bakterioklorofil) untuk aplikasi sebagai obat kanker sebagaimana telah diteliti oleh Leenawaty Limantara masih menemui hambatan. Dimana dalam penelitian bakterioklorofil terdapat tiga tahapan elektronik yang penting yaitu tahapan dasar, radikal kation, dan tahapan tereksistasi. Selama ini penelitian di dunia mentok pada tahapan tereksistasi karena pada tahap ini, masa hidup molekul sangat singkat yaitu pada tataran pikodetik (10^-9 detik) sehingga sangat sulit mengukur molekulnya yang sangat labil meskipun gambarnya dapat diperoleh.

Sisi positif yang dapat kita peroleh dari pemanfaatan klorofil adalah arti penting kembali ke alam (back to nature) yaitu dengan kembali mengkonsumsi makanan alami yang dihasilkan oleh alam. Ternyata alam telah menyediakan obat yang mujarab bagi kita untuk kelangsungan hidup. Mungkin suatu pertanyaan menarik pernah dilontarkan oleh dosen saya yaitu kenapa obat-obatan sintetis sering menimbulkan efek samping dibandingkan obat-obatan alami? Jawabnya karena dalam obat sintetis kita hanya mengisolasi senyawa bioaktif (senyawa toksik) saja yang efektif sebagai antipenyakit dari tanaman tanpa mengambil senyawa antitoksiknya (penetral) sedangkan obat alami telah menyediakan sekaligus dua yaitu senyawa toksik dan antitoksiknya.

Daftar Pustaka
1. Anonim. 2007. Klorofil. Situs Web Wikipedia Indonesia
2. Anonim. 2007. Daya Penyembuh Klorofil-Si Emas Hijau. Situs Web Hijau Daun
3. Anonim. 2004. Klorofil : Si Emas Hijau-Detoksin Alami yang Menyehatkan. Situs Web Indonesia Media Online Kesehatan (sumber asli sekolah-bisnis.com/klorofil.php)
4. Anonim. 2007. Produk Nutrisi dan Kesehatan. Situs Web Synergy Team Indonesia
5. Kabelan Kunia. 2005. Richard Martin Willstatter, Anak Penjual Tekstil Penemu Klorofil. Situs Web Cakrawala
6. Kabelan Kunia. 2005. Klorofil dan Hemoglobin sang Kembar Berbeda Inti. Situs Web Cakrawala
7. Leenawaty Limantara. 2007. Daya Penyembuhan Klorofil. [kimia-ui] Info Kesehatan
8. Saiful Bahri. 2007. Klorofil. Diktat Kuliah Kapita Selekta Kimia Organik. Universitas Lampung
9. Tatas HP Brotosudarmo dan Leenawaty Limantara. 2002. Klorofil Mencegah dan Menyembuhkan Kanker. Situs Web Kompas
10. Dan berbagai literature Web lainnya